基于RNA-seq的黄尾鲴肝脏转录组测序与分析
作者：
张燕萍，章海鑫，崔璀，傅义龙，刘志放，范鸿潮
来源：
暂无
日期：
暂无
文献类型：
期刊
关键词：
功能注释
黄尾鲴
高通量测序
转录组
描述：
为了发掘黄尾鲴(Xenocypris davidi)功能基因特别是免疫相关基因,为其种质资源评价、群体遗传学多样性分析、基因连锁图谱构建、免疫相关功能基因地位以及分子标记辅助育种提供基础信息,采用Illumina HiSeq2500高通量技术平台对黄尾鲴肝脏进行转录组测序。通过去除低质量的raw reads,共获得了50 702 046条clean reads,组装得到53 527条Unigenes。采用BLAST相似性比对方法,把这些序列比对NR、String、Swissprot、KEGG和Pfam数据库,共有26 613条Unigenes得到了注释。有15 532条Unigenes获得了GO注释并分类到64个功能类别中,有7 737条Unigenes被归纳到COG的26个功能分类,共有14 642条获得了KEGG注释,共参与33条代谢通路中。根据免疫系统分类,共有1 299条Unigenes参与了16条代谢通路。从53 527个Unigenes中共找到98 826个单核苷酸多态性位点(SNP)(转换64 396个,颠换34 430个)和18 119个SSR位点。研究结果为黄尾鲴免疫学、基因组学、基因克隆以及分子标记辅助育种提供了重要依据。
